През 1890 г. ученици от католическото училище Broeders Xaverianen и неутралното училище Koninklijk Atheneum се обединяват, за да създадат футболния клуб Brugsche. Бившите ученици кръщават основаването на клуба, като утвърждават латинското мото „mens sana in corpore sano“ (здрав дух в здраво тяло).Година по-късно, на 13 ноември 1891 г., клубът е пресъздаден под ФК Брюгше и сега това се разглежда като официалната основа на настоящия клуб Брюж. През 1892 г. в клуба е създаден официален съвет, който да наблюдава всички операции и решения на отбора. През 1895 г. е основан националният спортен съюз по лека атлетика, предшественик на по-късната национална футболна асоциация, под името UBSSA.Brugsche FC беше член-учредител на UBSSSA и като такъв взе участие в кампанията за първа лига, организирана в белгийския футбол през сезон 1895-96 .

Клубът спечели първия си трофей, като спечели белгийската Първа дивизия през сезон 1919-20 .Те празнуваха, като промениха титлата си на Royal FC Brugeois с техния кралски статут, сега отразен в модерния им префикс KV, означаващ Koninklijke Vereniging - кралски клуб.

Клубът успя да добави в своя кабинет трофей през 1968 г., спечелвайки първата от своите рекордни 11 титли за Купата на Белгия за първи път, след като победи Беершот АС със 7–6 при изпълнение на дузпи след равенство 1–1.

Клубът се радва на най-големия си успех под ръководството на легендарния австрийски мениджър Ернст Хапел, тъй като той води клуба до три поредни шампионски титли от 1975–76 до 1977–78 и победа за Купата на Белгия през 1976–77. Хапел също води Клуб Брюж до първия им европейски финал, достигайки финала за Купата на УЕФА през 1976 г. В двубойния финал срещу английския гранд Ливърпул , Клуб Брюж падна с общ резултат 3–4.Две години по-късно Брюж отново се срещна с Ливърпул в европейски финал, този път във финала на Европейската купа през 1978 г. на Уембли , като стана първият белгийски клуб, достигнал до финала на състезанието. Брюж падна с единствен гол през второто полувреме от Кени Далглиш , докато Ливърпул спечели втората си Европейска купа и трети европейски трофей поред.

20 май 2021 г. Брюж завърши наравно 3–3 със съперника си Андерлехт, за да спечели титлата в Първа А дивизия на Белгия за четвърти път от шест години и общо за 17-и път. Това беше първият път от 1973 г., Клуб Брюж беше коронован за шампион на терена на Андерлехт и за първи път от 1976-77 и 1977-78, Брюж спечели последователни титли в лигата.Година по-късно те стават шампиони за трети пореден път на терена на Антверпен, за първи път от 1977-79. Те щяха да продължат и да се класират за нокаут в Шампионска лига на УЕФА 2022–23 за първи път в съвременната история, след като загубиха само веднъж и запазиха 5 чисти мрежи в груповата фаза.